富源國小為花蓮地區歷史悠久之學校，已有102年之歷史。棒球隊則於民國82年成立，迄今已有二十餘年時間。 

雖在資源缺乏下仍然穩定培育原住民棒球人才，93-96年期間教育部棒球聯賽均穩定進入全國八強之列，全國少棒選拔賽多次進入六強，關懷杯少棒賽多次獲得前三名獎項。並於第19屆獲得冠軍，於2007年及2008年紅葉盃國際少棒賽分別取得冠亞軍獎項，2015中信盃全國少棒錦標賽冠軍，並且進行多次國際賽事交流，參加日本茨城縣國際少棒賽多次獲得冠軍獎項，也於2013年赴大陸參加廣東省中山市國際少棒賽冠軍，2018應邀參加加拿大溫哥華LMB國際少棒經典賽獲得亞軍，為讓偏遠地區孩子學棒球也可以走向國際，學校積極規劃與國際接軌計畫，利用暑假期間計畫參加國外棒球相關拓展孩子視野的培訓計畫。